清华大学高校德育研究中心正式成立于1999年12月。经教育部组织的专家评审，2000年9月被确定为“教育部人文社会科学百所重点研究基地”之一，并于11月正式挂牌成立，成为清华大学第一个教育部人文社会科学重点研究基地。清华大学高校德育研究中心坚持马克思主义为指导，以马克思主义理论一级学科博士点为依托，根据变化了的国际国内形势以及高等教育人才培养的需要，始终把承担重大科研项目、产出重大科研成果当作基地建设的首要任务，不断提高思想理论研究工作的水平和实效，并努力使基地建设的整体水平居国内领先。
作为清华大学建设世界一流大学的重要组成部分，高校德育研究中心的发展目标是成为开放式、流动型、高质量、有特色的国家级人文社会科学重点研究基地。在硬环境建设上，逐步形成社会“思想库”、“信息库”、“人才库”等方面的优势和辐射，加快构建国家级高校德育研究平台，包括学术研究平台、学术交流平台、网络信息平台、教育平台和培训平台等，使之产生凝聚作用和示范效应。在软环境建设上紧紧抓住高等教育培养高素质人才这一首要任务，努力实现“三个提高”的目标。一是提高广大学生的德育素质，使其对学生的综合素质产生持久的影响力和实效；二是提高广大教师的德育素养，只有把德育教育和专业教育融合起来，才能真正完成“授业解惑”和教书育人的历史责任；三是提高学校德育工作的整体水平，进而推动整个民族思想道德素质的提升。
高校德育研究中心下设的研究机构有：思想政治教育研究室、社会主义核心价值观价值观研究室、社会思潮与青年教育研究室、学校思政工作与思政课教学研究室。截至目前，高校德育研究中心已完成的教育部重点研究基地重大研究项目有10多项，承担多项中央马克思主义理论研究和建设工程重大项目、国家社科基金重大项目等重要课题研究，形成了一批有重要影响的学术成果，多项成果获教育部高校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）一等奖等奖励。多名研究人员入选国家重大人才工程。
通过重点建设和科研体制改革，基地建立起了机构开放、人员流动、学术活跃、团结合作、精简高效的运行机制，成为全校文科发展的示范基地。今后，它将在承担重大研究项目、产出重大科研成果方面，在成为本领域研究的思想库、信息库、人才库方面，加快建设步伐，努力成为名副其实的国家级重点研究基地。
2000年11月中心举行挂牌仪式
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